Diablo kahraman bir savaşçı tarafından öldürülmüş ve ruhtaşı(soulstone) sökülüp alınmıştır. Savaşçı güçlü iradesiyle Diablo'yu kendi bedeninde hapsedebileceğini düşünür. Böylece ruhtaşını kendi vücuduna yerleştirir. Fakat gün geçtikçe savaşçının da aklı karışmaktadır, iradesi günden güne zayıflar. Bir gece kontrolünü kaybeder ve Tristram'a yaratıklar saldırarak herkesi katleder. Aynı gece savaşçı ortadan kaybolur. Bu katliam ve yıkımdan sadece iki kişi kurtulur. Biri korkuyla kendini savaşçının hizmetine adayan Marius'dur. Sağ kalan diğer kişi ise eski Horadrim üyesi olan yaşlı Deckard Cain'dir.

Bu karanlık zamanda bir kahraman belirir ve Deckard Cain'i tutsak tutulduğu Tristram'dan kurtarır. Cain ona savaşçıdan bahseder ve birlikte onu öldürmek için savaşçının peşine düşerler. Böylece doğuya yolcukları başlar.

Çölü geçerek Lut-Gholein'e varırlar. Fakat savaşçı onlardan daha önce buraya gelmiştir. Amacı küçük kardeş Baal'ı kurtarmaktır. Tal-Rasha'nın mezarında artık değişim geçirmeye de başlamış olan savaşçı giderek Diablo'ya dönüşür. Marius'la birlikte mezarın içlerine kadar ilerlerler. Baal'ı bulduklarında onları orada bekleyen bir kişi daha olduğunu farkederler. Bu kişi başmelek Tyrael'den başkası değildir. Tyrael Diablo'ya saldırarak onu engellemeye çalışır fakat dünya işlerine müdahale etmesi yasak olduğundan onu öldüremez. Bu arada Marius yavaşça artık dönüşüm geçirmiş olan Baal'e yaklaşır. Baal Marius'tan yardım istemektedir ve Marius uzanarak ruhtaşını Tal-Rasha'nın bedeninden çıkarır. Baal'ı tutsak eden büyü artık kalkmıştır.
Tyrael Marius'un düşüncelerine girerek ona yaptığı aptallığın dünyaya yıkım getireceğini söyler. Bunu telafi etmenin tek yolu Hellforge giderek ruhtaşını yoketmesidir. Marius oradan kaçarak uzaklaşır fakat Tyrael kaçamaz. İki kardeş Tyrael'i yakalayarak Tal-Rasha'nın mezarına kapatır ve Kurast limanına doğru yola çıkarlar. Marius ise gizlice onların peşinden gider.

Kahramanımız mezara girerek Tyrael'i kurtarır ve ondan Diablo'nun nereye gittiğini öğrenir. Böylece Cain'le birlikte Kurast limanına varırlar.
Zakarum'da büyük kardeşleri Mephisto'yu kurtaran Diablo ve Baal, onunla güçlerini birleştirerek cehenneme bir kapı açarlar. Artık savaşçı tamamen Diablo olmuştur. Kapıdan geçerek cehenneme gider. Marius tüm bu olanları gördükten sonra kapıdan geçmeye korkar ve ruhtaşını alarak oradan kaçar.
Kahramanımız ise Zakarum kilisesinin derinlerine kadar Diablo'yu kovalar. Fakat Mephisto Zakarum klisesinde saklanmaktadır ve öldürülüp ruhtaşı alınacaktır. Daha sonra geçitten geçen kahramanımız Diablo'yu bulup öldürür. Böylece Diablo'nun ve Mephiston'un ruhtaşları Hellforge'da yok edilir. Geriye sadece Baal kalmıştır.
Baal kardeşlerinin yanından ayrıldığından beri gizlenerek kendi ruhtaşını arar. Bunun için öncelikle Marius'u bulması gerekmektedir. Baal'ın ruhtaşıyla kaçtığından beri Marius'un hayatı altüst olmuştur. Her şeyini kaybetmiş giderek paranoyak ve saplantılı bir hale gelmiştir. Sonunda bir akıl hastanesine düşer. Baal Marius'u burada bularak onu kandırır. Tyrael kılığında gelerek Marius'tan tüm hikâyeyi dinler. Sonunda yok etme bahanesiyle kendi ruhtaşını ister. Marius ona güvenerek "Halime bak Tyrael, bu taş benim felaketim oldu" der ve yanında taşıdığı ruhtaşını ona verir. Ruhtaşını alan Baal gerçek yüzünü gösterir ama artık çok geçtir. Bu defa Marius yaptığı hatayı canıyla öder. Bir yangınla her şey küle dönüşür, arkasında kanıt birakmayan Baal ortadan kaybolur.

Baal ruhtaşını güvenceye aldıktan sonra saklanır ve kendine bir ordu kurmaya başlar. Bu orduyla barbarların şehri Harrogath'a saldırır. İki ordu Arreat platolarında karşı karşıya gelir. Baal'ın amacı Arreat dağındaki dünyataşını (worldstone) ele geçirmektir. Savaş sırasında Baal dünyataşına ulaşır ve etkisi altına almaya çalışırken öldürülür fakat dünyataşını da etkilemeyi başarmıştır. Tyrael'in onu yoketmekten başka çaresi kalmaz. Kılıcını çekip çekip dünya taşına doğru fırlatır. Dünyataşı binlerce parçaya ayrılırken tüm Harrogath sarsılır ve Arreat dağı ikiye bölünür.