Macintosh Sürümü: Macintosh sürümü, Lion Entertainment Inc. tarafından taşınmış ve 6 Haziran 1997'de Minneapolis'te, MacSoft tarafından piyasaya sürülmüştür.

Megaton Sürümü: Genel Arcade tarafından geliştirilen ve Devolver Digital tarafından yayınlanan bu sürüm, 20 Mart 2013'te Steam üzerinden piyasaya sürüldü. Megaton Sürümü, OpenGL üzerinde çalışan Duke Nukem 3D: Atomic Edition, Duke It Out In D.C., Duke Caribbean: Life's a Beach ve Duke: Nuclear Winter oyunlarını içerir. Ayrıca Jonathon Fowler tarafından geliştirilen JFDuke3D kaynak portunun koduna dayanır ve Windows, Mac OS X ve Linux için SteamPlay'i destekler.

GOG Sürümü: Duke Nukem 1, 2 ve Manhattan Project'in yanı sıra The Atomic Edition, 2009'da GOG.com'da piyasaya sürüldü. 31 Aralık 2015 tarihinde satıştan kaldırıldı.

20th Anniversary World Tour Sürümü: Nerve Software ve Gearbox Software tarafından geliştirilen ve Gearbox Publishing tarafından yayınlanan bu sürüm, Gearbox Software tarafından 2 Eylül 2016'da PAX East'te duyuruldu. Xbox One, PlayStation 4 ve Steam üzerinden Bilgisayar için bir yeniden yayın sürümüdür.