Seçilmiş kişi Neo, Matrix'teki kurtarıcı rolüyle en güçlü varlıktır. Matrix'e kaçak girişleri temizlemekle yükümlü ajanlar bile karşısında duramaz. Matrix'te gemi kaptanlarının bir toplantısında onları tanıdık bir yüz ziyaret edecektir, daha önce Neo'nun onu yokettiği Ajan Smith.. Ajan kimliğinin dışında yeniden sahneye çıkan smith, kendini kopyalayabilmekte ve çoğaldıkça güçlenmektedir.Neo'nun artık Matrix'te gerçek bir rakibi vardır. Morpheus ve Trinity ise diğer gemi kaptanlarıyla birlikte seçilmişi kaynağa götürecek yolu arayacaklardır.