Prens kendi hayatını kurtarmak için Kaliena'yı öldürmek zorundadır. Çünkü zaman kumları yüzünden Dahaka adlı bir canavar onu gördüğü yerde kovalamaktadır. Bu yüzden zaman kumlarının yaratıldığı adaya yelken açar. Kaliena ile savaşıp onu öldürür. Fakat Kaliena da prens gibi kendi kaderini değiştirme çabası içindedir. Bunu öğrenen prens bir karar verir. Şatoda saklı olan gizemli bir maske ile tekrar adaya geldiği ana döner. Bu defa elinde su kılıcı vardır ve Dahaka ile savaşıp onu yener.

Kaliena'yı da yanına alarak adadan ayrılan prens ölümcül bir hata yapmıştır. Prens onu kendi zamanına getirerek zaman kumlarının kum saatinde yapılmasını engellemiştir, tüm tarih değişir. Bir zamanlar kendi kralına ihanet eden ve zaman hançerine sahip olmak isteyen veziri prens hiç bir zaman öldürmemiştir. Prens ve babası kral Sharaman ordusuyla hindistanı hiçbir zaman işgal etmemiştir. Herşeyi yoluna koyduğunu düşünen prens taşıdığı zaman amuletini denizin soğuk sularına bırakırken vezir ölümsüzlük tutkusuyla Babil'i işgal eder.

Prens vatanına vardığında acı gerçekle yüzleşir ve oradan kaçamadan gemileri batırılır. Kaliena vezirin adamlarına esir düşer. Onun peşinden giden prens en sonunda onu bulur fakat kurtaramaz. Veziri gören prens şaşırır ve vezir yanında getirdiği zaman hançeri ile Kaliena'yı öldürür. Kaliena'nın bedeni zamanın kumlarına dönüşerek tüm şehre dağılır. Vezir artık istediğine kavuşmuştur. Olümsüz olur fakat biçimi de değişir ve bir yaratığa dönüşür. Prens son bir hamle ile zaman hançerini vezirden almayı başarır ama o da zaman kumlarından nasibini alır. Artık onun da içinde kötücül bir varlık ortaya çıkmıştır.

Prens şehrin her yerinde veziri kovalar fakat ummadığı biriyle karşılar. Hindistan kralının savaşçı kızı Farah. Vezir kralı öldürmüş ve kızını da tutsak olarak yanında getirmiştir. Bu yüzden o da prens gibi veziri öldürmek istemektedir. Bu yüzden güçlerini birleştirler. Prens her ne kadar eski olaylar yaşanmasa da hepsini hatırlamaktadır fakat Farah'ın hiç bir şeyden haberi yoktur. Bu ikili git gide bir birine yakınlaşır. Prensin içindeki kötülük ise zaman zaman günyüzüne çıkar ve prens karanlık bir yaratığa dönüşür. Fakat bilinci hala yerindedir bu yüzden bu halini kontrol altında tutar. Farah onu bu halde görür ve öldürmek ister fakat öldüremez. Prens bunun sadece bir değişim olduğunu ve bilincinin hala yerinde olduğunu ikna etmeye çalışır fakat başarısız olunca yolları geçici bir süre ayrılır. Prens tuzağa düştüğünde Farah yeniden belirip hayatını kurtarır. Böylece yeniden birlikte vezirin peşine düşerler.

Bu arada Prensin akıl hocası olan yaşlı bilge Babil'deki insanları örgütleyerek ayaklanmaya öncülük eder. Prens ve Farah babil kulesinin en üst katına çıkmaya çalışırken vezir tarafından tuzağa düşürülürler. Vezir Farah'ı yakalar ve prensi kulenin boşluğuna atar. Fakat prens o anda değişim geçirerek kurtulur.

Prens zindanlardan çıkmanın yolunu ararken babasının cesediyle karşılaşır. Bu olay onu çok etkiler ve içindeki tüm kötülüğü bastırır.Karanlık tarafını kontrol altına almayı başarır.
En sonunda kulenin en tepesine çıkarak vezirle yüzleşir. Onunla savaşır ve onu yener. Zaman hançerini Vezirin göğsüne saplar böylece zamanın kumları yeniden Kaliena'nın bedeninde toplanır. Ona artık zamanın geldiğini söyler. Zaman hançerini eline alır ve hançer onun bedeni ile birleşir. Prensin zaman kumlarından etkilenen bedenini de iyileştirir ve ortadan kaybolur.

Sadece Prensin içindeki kötücül benliği kalmıştır.Prens onunla da kendi zihninde yüzleşir. Farah'ın ona seslendiğini duyan prens onu orada bırakarak uyanır. Daha sonra Farah'a daha önceden başından geçen tüm hikâyeyi anlatır.----