Umbrella Şirketi' nin yol açtığı virüs felaketi Umbrella' nın gizli sığınaklarından Raccoon City' yeyayılmıştı. İkinci filmde alan genişliyor ve tüm şehir virüslü insanlarla doluyor. Kahramanımız Alice (Milla Jovovich), Umbrella Şirketi tarafından yapılan deneyler sonucu insanüstü güçlerle donatılmıştır. Alice' le birlikte virüsten etkilenmeyen bir kısım insanda onunla birlikte mücadeleye girerler. Bu insanların arasında Umbrellanın özel ekibi S.T.A.R.S' ın (Special Tactics and Rescue Service) bir üyesi olan Jill Valentine (Sienna Guillory) ve bu ekibin lideri olan Carlos Oliveira (Oded Fehr) gibi donanımlı kişilerde bulunmaktadır. Bu grup bir yandan tüm şehre yayılmış virüslü yaratıklarla uğraşırken bir yandanda Umbrella'nın yarattığı ikinci felaket olan Nemesis'le(Matthew G. Taylor) mücadele etmek zorunda kalırlar. Bu cehennemden kurtuluşlarının tek yolu ise Umbrella'ya bağlı bilimadamı Doktor Ashford' a(Jared Harris) güvenmek ve kızını (Sophie Vavasseur) ona sağ olarak ulaştırmaktır.