Kral Harold hastalanınca taht için uygun bir varis bulmak Shrek’e düşer. Aksi takdirde tahta geçeceği için çok sevdiği bataklıktan ayrılmak zorunda kalacaktır. Bu konuyla ilgili olarak Eşek ile Çizmeli Kedi’yi görevlendiren Shrek, taht için en doğru varis olarak gördüğü kişiyi gözüne kestirir. Bu kişi, Fiona’nın asi ruhlu kuzeni Prens Artie’den (Justin Timberlake) başkası değildir. Öte yandan çok çok uzaklarda Fiona’yı bir zamanlar yüzüstü bırakıp terk eden eski nişanlısı Prens Charming, tahtı ele geçirmek için peri masallarından topladığı kötü adamlar ordusuyla kentte fırtınalar estirmektedir. Ancak kenti savunmaya kararlı olan Fiona ile annesi Kraliçe Lillian’ın peri masallarındaki iyi insanları yanlarına topladığından haberi yoktur. Shrek, Eşek ve Çizmeli Kedi’nin, “geleceğin kralı” olarak gördükleri Artie’yi daha mükemmel olması için değiştirme çabası devam ederken, diğer tarafta Fiona ve prensesler ordusu ise Prince Charming’i durdurmak zorundadır. Bunu başaramazlarsa ortada Artie’nin hüküm süreceği bir krallık kalmayacaktır.