Birinci filmden iki yıl geçmiştir. Peter Parker (Tobey Maguire) bir yandan güçlerinin "laneti ve nimeti" ile uğraşırken, bir yandan da yeni zorluklarla mucadele etmek ve süper kahraman Örümcek-Adam ile üniversite öğrencisi kimlikleri arasındaki dengeyi korumak zorundadır. Sakladığı sır yüzünden acı çeken Peter, en önem verdiği ilişkinin şimdi gün ışığına çıkma tehlikesi olduğunu fark eder ve sevdiği herkes onun yüzünden farkında olmadıkları bir tehlike içindedirler. Çünkü çok kollu Dr. Octavius'la karşı karşıyadır.Peter'ın hayatı boyunca M.J. için duyduğu arzu, gizli yaşamını terk etme ve aşkını ilan etme dürtüsüyle daha da güçlü bir hale gelir. En yakın dostu Harry Osborn'la da arası açılmıştır çünkü arkadaşı babasını öldüren Örümcek-Adam'a gittikce kin besleyen bir intikam duygusundadır. Kocasını kaybettiğinden beri çok zor zamanlar geçiren, çok sevdiği May Hala'nın bile yeğeni hakkında kuşkulanmaya başlaması Peter'ı içinden çıkırılmaz bir duruma getirir.