Bir grup bilim adamı kayıp şehir Atlantis'in yerini tespit eder. Sanıldığı üzere Atlantis dünyada değil, Pegasus Galaksisi'ndedir.
Popüler Stargate SG-1 dizisinin alternatif devamı olarak çekilen bu dizide, Diplomat Dr. Elizabeth Weir'ın öncülüğünde farklı milletlerden gelen bir bilim adamı ve asker grubu, Atlantis'e doğru geri dönüşü olmayan bir yolculuğa çıkarlar. Görevleri büyük güçlere sahip kadim ırklar tarafından inşa edildiği anlaşılan bu şehrin gizemlerini araştırmak ve keşiflerini dünyaya getirmektir. Ancak geri dönüşleri, bunu sağlayacak teknolojiyi Atlantis'te bulmalarına bağlıdır; hiçbir destek veya kurtarma görevi olmayacaktır.