Profesör Xavier, istemleri dışında mutasyona uğramış gençleri ("mutant"lar) bir okulda toplamıştır. "X-Men" olarak adlandırılan öğrencilerin görevi, yapay mutantların oluşturabileceği tehditlere karşı dünyayı korumaktır. Bu tehditlerin kaynağı, mutanların üstünlüğünü savunan Magneto adlı bir diğer mutant'tır. Xavier'ın öğrencilerinden Rogue kaçırılınca, X-Men ekibi onu geri getirmek üzere Magneto'nun mutantlarına karşı mücadeleye girer.

Tüm mutantlar, bir yandan da kendilerine karşı soykırım kampanyası yürüten Senatör McKelly'le uğraşmak zorundadır. Unutmadan ekleyelim: Hangi mutant grubunda yer aldığı henüz müphem bir karakter de var filmde. Adı Wolverine. Bileğine gizli pençeler yuvalarından her çıkışta can acıtıyorlar - fakat yalnızca Wolverine'in canını değil...