Episode One yapımının devamı olarak tanımlanan Episode Two, Episode One'da Gordon Freeman ve Alyx Vance'in Citadel'den çaldıkları bilginin, Citadel'de büyümekte olan boyut kapısının kapatılması için Dr. Kleiner ve Eli Vance'nin bulunduğu, White Forest'teki karargaha götürülme sürecini konu alır.